基因转入生物体是一个复杂的过程。以转基因植物为例，人们通过分子生物学技术手段克隆得到我们认为有价值的基因，并将其构建到一种称之为转化载体的工具上，然后通过植物转基因方法(包括农杆菌介导转化法、基因枪法等)转入我们想改变的作物的染色体上。然后通过筛选和遗传稳定性测试，来鉴定这个基因是否成功转入并可以稳定遗传。再通过对该作物性状的考察和安全性测试，决定这个转基因作物是否具有商业生产价值。每个环节都需要在各种严格的实验条件下操作才能成功实现。
基因转移现象在自然界中广泛存在，例如玉米的异花授粉属于种内基因转移，农杆菌侵染植物产生根瘤属于种间基因转移。农杆菌是普遍存在于土壤中的一种革兰氏阴性细菌，它在自然条件下就能感染大多数双子叶植物的受伤部位，并诱导植物产生冠瘿瘤或发状根。这是由于农杆菌的细胞中有一段T-DNA，通过侵染植物伤口进入细胞后，可将T-DNA插入到植物基因中。自然界中农杆菌对植物侵染作用的发现，是植物转基因技术快速发展的基础。